der elfte Engel besteht aus einer ganzen Menge Nano-Maschinen-Ähnlichen Objekten, die sich mit unglaublicher Geschwindigkeit weiterentwickeln können. Dabei kann er auch die komplexe Form von Schaltkreisen ausbilden. Das ermöglicht es ihm in MAGI einzudringen. Er kann nur mittels eines Programms gestoppt werden, das in Casper eingespeist wird, der erst als letzter von dem Engel eingenommen wird. Dieses Programm beschleunigt die Evolution des Engels dermaßen, dass er sich selbst vernichtet.

Ohne geringste Vorwarnung taucht in Tokyo 3 plötzlich eine schwebende Kugel auf. Als Shinji auf selbige schießt, verschwindet sie kurz und taucht direkt über ihm wieder auf. Der Schatten, den sie wirft, wird tief schwarz. Alles was sich im Einflussbereich des Schattens befindet versinkt in ihm, so auch EVA 01. Auch EVA 02 schießt nun auf die Kugel. Sie verschwindet wieder und erscheint über Asuka. Diese kann sich allerdings auf die Häuser retten. Als das Umbilikal-Kabel von Eva 01 aus dem Schatten gezogen wird, ist es zerschnitten.
EVA 01 ist seit Stunden im Lebenserhaltungsmodus. Plötzlich als Shinji ohnmächtig wird, fliegt eine leuchtende Erscheinung auf ihn zu und EVA 01 fängt an sich zu bewegen. Ohne das die von Außen geplante Hilfe nötig wird, befreit sich EVA aus der Kugel, und besiegt damit den Engel.

Als EVA 04 samt Dependance 2 in den USA verschwindet, wird beschlossen EVA 03 nach Japan zu holen. Bei den Tests in Japan stellt sich dann heraus, dass er von einem Engel besessen ist. Asuka und Rei haben Probleme gegen den Engel zu kämpfen, da sie wissen wer als 4. Children in dem EVA sitzt. Auch Shinji sieht die Kapsel in dem EVA, weiß allerdings nicht wer es ist. Trotzdem weigert er sich zu kämpfen. Daraufhin werden seine Kontakte zu EVA 01 unterbrochen und die Dummy-Kapsel wird gestartet. EVA 01, jetzt von dem Dummy gesteuert, vernichtet den Engel daraufhin in einer Art und Weise, die nur als Schlachtfest bezeichnet werden kann.

Nach dem letzten Vorfall weigert sich Shinji zu kämpfen und verlässt NERV. Als der Engel auftaucht sind Rei und Asuka also alleine. Der Engel zerstört mit einem Schuss fast sämtliche Schichten. Es bleibt also zu wenig Zeit um außerhalb des Geo-Sektors zu kämpfen. Nachdem EVA 02 sämtliche Waffen ohne Wirkung auf den Engel abgefeuert hat, werden ihm kurzerhand beide Arme und dann der Kopf abgetrennt. EVA 00, dem nach dem letzten Kampf immer noch ein Arm fehlt, durchbricht das AT-Feld des Engel und zündet eine N2-Mine. Den Engel scheint das nicht zu kratzen, aber EVA 00 ist außer Gefecht. Alle Versuche EVA 01 ohne Shinji zu starten schlagen fehl. Dieser entschließt sich aber doch in den Kampf einzugreifen und hat den Engel dann auch schon fast besiegt, als seine Energie alle ist. Nach mehreren Versuchen EVA 01 zu bewegen, erwacht dieser plötzlich und kann den Engel ohne externe Energie oder Batterien besiegen.Dieser Engel hat einen übermächtigen Energiestrahl, der mit einem Schuss fast bis in den Geosektor vordringen kann. Außerdem hat er anstelle der Arme zusammenklappbare "Metallplatten", mit denen er alles zerschneidet, was sich ihm in den Weg stellt.

Dieser Engel scheint erst mal nichtstuend im Orbit zu hängen. Asuka, die mittlerweile nur noch einen sehr niedrigen Synchronwert hat, bekommt ihre letzte Chance. Sie soll den Engel sobald er nahe genug ist aus dem Orbit schießen. Das schlägt jedoch fehl, da der Engel nicht in Reichweite kommt. So geht der Schuss, den sie absetzt zu kurz. Der Engel startet daraufhin eine Attacke gegen Asukas Seele, während alle "Zuschauer" Hallelujah aus Händels Messias hören können. Als Rei versucht den Engel zu erschießen reicht die Energie, obwohl sie trifft, nicht aus das AT-Feld des Engels zu durchbrechen. Letztendlich holt sie die Lanze von Longinus und wirft damit nach dem Engel. Dieser wird dadurch dann auch endlich zerstört.

Als Rei auf diesen Engel trifft geht der Ring auf und der Engel durchstößt EVA 00. Daraufhin dringt der Engel in EVA 00 und Rei ein. Asuka, die als Dummy dienen sollte, hat einen so kleinen Synchronwert, dass sie unfähig ist EVA 02 zu steuern. Sie wird zurückgeholt. Shinji und EVA 01, die seit dem 14. Engel einer Sperre unterlagen, sollen den Engel nun erledigen. Rei lässt es allerdings nicht soweit kommen, das der Engel auch in Shinji eindringen kann und zerstört EVA 00 selbst, wodurch auch der Engel erledigt wird.

Da Asuka einen zu niedrigen Synchronwert hat, wird ein 5. Children benötigt. Dieses ist Kaworu Nagisa. Doch irgendwas scheint nicht mit ihm zu stimmen: Er kann allein durch seinen Willen jeden beliebigen Synchronwert mit EVA 02 erreichen. Er und Shinji werden so etwas wie Freunde. Doch Kaworu ist der letzte Engel. Er übernimmt EVA 02 und steigt zu ADAM ab. Shinji soll ihn aufhalten und schafft es auch EVA 02 zu besiegen. Doch Kaworu kann er erst mal nicht töten. Dieser bittet ihn jedoch darum, weil er aus verschiedenen Gründen nicht die Vernichtung der Menschheit einleiten möchte. Schlussendlich wird er von EVA 01 zerquetscht.

Eigentlich ist der JA kein Engel. Da es aber einer der Gegner der EVAs ist, habe ich mich entschlossen ihn hier mit aufzunehmen. Der JA ist eigentlich ein Versuch von Firmen außerhalb NERV und der UN einen zu den EVAs gleichwertigen Gegner für die Engel zu erschaffen, der keinen menschlichen Insassen braucht und eine längeren Einsatzdauer aufweist. Oder wie es Misato so treffend sagt: "Das ist die Rache all jener, die nicht mit uns ins Geschäft gekommen sind." Da die EVAs aber auch andere Funktionen, als die des Kämpfens haben, und wahrscheinlich auch, um sich nicht ins Handwerk pfuschen zu lassen, wird die Vorführung des JA sabotiert. Der JA ist mit einem Kernreaktor ausgestattet. Dieser wird einfach soweit überlastet, dass es zur Kernschmelze kommt. Misato entschließt sich dass Problem manuell aus dem Inneren des JA zu lösen, während Shinji mit EVA 01 den JA daran hindern soll bewohntes Gebiet zu erreichen. Das Passwort zur Programmlöschung wird von dem Sabotageprogramm allerdings nicht akzeptiert. Als die Kernschmelze unausweichlich scheint, schaltet sich das Sabotageprogramm von selbst ab und der JA bleibt endlich stehen.